Una característica importante de las lagunas de Cantalejo (junto a las cercanas lagunas de Lastras de Cuéllar), es su singularidad, ya que constituyen los únicos humedales enclavados en sistemas dunares que existen en España, a excepción de los de Doñana, distinguiéndose de ellos en que las lagunas de Cantalejo están enclavadas en un arenal de tipo continental y las arenas de Doñana son de origen litoral.

Otra singularidad es su localización, situadas en una zona entre llana y muy alta, en la divisoria entre las cuencas de los ríos Cega y Duratón, que hace difícil a simple vista, determinar en algunos casos, a que cuenca pertenece cada laguna.

Existen en total veintidós lagunas, mas algunas otras desaparecidas, trece en la cuenca del río Cega, que tienen como emisario el arroyo de la Nava del Pobo y nueve en la cuenca del río Duratón, cuyo emisario es el arroyo de las Rivillas. Además de otras pequeñas lagunas fuera de este grupo principal, entre las que cabe destacar la de los Abarcales, las lagunillas de Vegamarta (cerca de la Estación Depuradora), la Balsa de la Nava (desaparecida en los años 60, que estaba situada junto al cementerio nuevo), la también desaparecida del Hoyal (que ocupaba los terrenos del actual campo de fútbol), etc.

Otra singularidad de las lagunas de Cantalejo es la temporalidad de muchas de ellas, manteniendo agua en años secos de una forma permanente tan sólo las lagunas de Navalsoto, La Cerrada, el Sotillo Bajero, los Sotillos Encimeros y la de los Pollos. Un exponente de esta temporalidad es el hecho de que la única laguna que mantiene vida piscícola es la de Navalsoto.

A partir del verano de 1996, gracias a la puesta en marcha de la depuradora y el desvío de sus aguas, una vez depuradas, hacia las lagunas, se pueden considerar permanentes y con buen nivel de aguas las lagunas del Sotillo Bajero y de Navacornales, siendo posible que también lleguen a ser permanentes las lagunas de Navalayegua y Navalagrulla, aunque este último extremo sólo podrá confirmarse, si tras el periodo de aguas altas que comenzó en noviembre de 1995, continúan llenas dichas lagunas cuando tenga lugar la próxima sequía. También puede que lleguen a ser permanentes,gracias a las recientes actuaciones realizadas por el Ayuntamiento en la primavera de 1997, las lagunas de Navahornos y de la Muña.