En el acuífero n° 8 en el que se encuentra encuadrada la zona de estudio, el agua infiltrada en el terreno es retenida por el acuífero superficial libre que la cede lentamente por goteo al acuífero Terciario Subyacente, así como a los ríos Cega y Duratón.
En la zona de estudio el funcionamiento hídrico es similar al que se acaba de referir, aunque los flujos de agua son algo más lentos y contribuyen a la formación de las lagunas debido a que las cubetas en las que se encuentran ubicadas las lagunas están formadas por calizas margosas (tobas) relativamente impermeables que hacen que el goteo hacia el acuífero terciario sea más lento que en otras zonas y por tanto que la permanencia del agua en las lagunas sea mayor. A ello contribuye la formación de turba en el fondo de las lagunas.

Balance Hídrico
Es muy difícil establecer en un sistema abierto, como el acuífero superficial sobre el que se asientan las lagunas, el balance entre las entrada y salidas de caudales. No obstante y aún a riesgo de que los resultados tengan una desviación apreciable ya que se desconocen muchos datos, se hace a continuación una estimación de lo que en principio se puede considerar un equilibrio dinámico entre entradas y salidas de agua, manteniendo un nivel óptimo de agua en las lagunas. Para ello se establecen las siguientes suposiciones:
-Las lagunas alcanzan su nivel óptimo en Cantalejo con una precipitación media de 625-650 mm/año. (Este valor está basado en las series históricas de precipitaciones, en observaciones propias y en la información proporcionada por gentes conocedoras del entorno).
Una vez alcanzado el nivel óptimo, para mantenerlo, se precisa una precipitación media, que como mínimo debe rondar los 500 mm anuales.
-Las lagunas se encuentran en el fondo de unas someras depresiones cuyo fondo de toba está cubierto de arenas eólicas, a dichas cubetas se les supone unas dimensiones equivalentes a la zona propiamente inundable, más un mínimo de 200 m alrededor de las lagunas y de los cauces que las unen.
Las superficies de estas cubetas, suponiendo la existencia de 22 lagunas con una superficie media de 2.5 ha/laguna, sería:
22 lagunas x 30 ha/laguna = 660 ha
Como la precipitación media se estima en 509 mm/año, sería necesario realizar, para mantener una altura óptima de la lámina de agua, un aporte suplementario equivalente a una media de 129 mm/año, lo cual supone:
660 ha x 1.290 m3/ha = 851.400 m3/año
Con estos aportes, los cuales se logran de una forma natural los años lluviosos, se alcanzan niveles óptimos de agua en primavera, quedando pasado el verano una lámina de agua apreciable en las principales lagunas (Navahornos, Matisalvador, Navalsoto, Sotillo Bajero, Navacornales, La Muña, La Cerrada, Navalagrulla y Navalayegua. En el resto de las lagunas quedarían pequeños charcos, zonas con cierto grado de humedad e incluso algunas completamente secas.
En los años secos quedarían secas casi todas las lagunas salvo Navalsoto y algunas pequeñas charcas en el Sotillo Bajero, Navalagrulla y La Cerrada. En los años de precipitación media tendrían agua todo el año algunas más, dependiendo de como haya sido, pluviométricamente hablando, el año anterior y sobre todo del manejo del agua.
Aparte de las causas naturales, otros posibles consumos de caudales son los originados por los riegos que, suponiendo un gasto de 6.500 m3/ha y año, originan un consumo de:
11 ha x 6.500 m3/ha = 71.500 m3/año (I)
Los cuales contribuyen a bajar el nivel freático en los años secos y no permiten que se recupere totalmente en los años de lluvias intermedias.
En cuanto a aportes suplementarios de caudales, se está recibiendo ya un aporte importante constituído por las aguas residuales urbanas de Cantalejo, las cuales suponen una vez depuradas, un caudal aproximado de:
1.000 m3/d x 365 días x 1,2 = 438.000 m3/año
El balance hídrico, realizado para un año de precipitaciones medias, quedaría de la siguiente forma:

                                                                          m3/año 
                                                                         -----------
          -Necesidad de aportes suplementarios      922.900
         (para mantener un nivel óptimo del
         agua, incluidos consumos por riegos)
         -Aporte de aguas residuales depuradas      438.000
                                                                         -----------
         DÉFICIT HÍDRICO                                   484.900

Calidad natural de las aguas
La calidad natural de las aguas que afloran en las lagunas corresponde a un tipo de aguas bicarbonatadas cálcicas, pH en torno a 8, con un contenido salino moderado, que se traduce en conductividades del orden de 700 -800 mS/cm y concentraciones iónicas reducidas.
En general las aguas subterráneas son tolerables para el consumo humano, si bien el agua que aflora a la izquierda las lagunas puede en ciertos casos estar un tanto eutrofizada debido a la presencia de ganado en sus proximidades.
El agua de las lagunas es apta para el riego y para la vida piscícola.

(I) en esta cantidad no se incluyen los consumos realizados aguas arriba de las lagunas (aproximadamente 100 ha), que indudablemente detraen en caudales del aporte subterráneo que alimenta las lagunas.