Actualmente las lagunas de Cantalejo están pasando por una fase de acciones naturales y actuaciones humanas contradictorias, encaminadas unas a su regeneración, tales como su inclusión en el Catálogo de Zonas Húmedas de Castilla y León, el aporte a las lagunas de las aguas residuales de Cantalejo después de haber sufrido un proceso de depuración, así como ciertas actuaciones acertadas del Ayuntamiento que se relacionan más adelante. Otras, al contrario, son claras agresiones al medio y pueden poner en peligro, si no se corrigen a tiempo, la propia existencia de las lagunas.
Entre las amenazas más claras para el mantenimiento de las lagunas cabe citar las siguientes:

-Proximidad de carreteras que impiden la nidificación (Navahornos, La Muña y Navalayegua).

-Utilización como vertederos de residuos urbanos (Laguna de Mingorrubio), o de escombros (proximidades de la Temblosa).
-Pastoreo, eutrofización por acumulación de deyecciones y disminución de su alveo para incrementar la superficie de pastos.
-Purines procedentes de granjas de cerdos.
-Desecación para cultivos o para pastos, mediante drenajes, canalizaciones o encauzamientos (Laguna China o de Diana).
-Procesos de colmatación, bien naturales por acumulación de turba o arena, u originados por el hombre para utilizarlas como tierras de cultivo (La Temblosa, La Yegüeriza, Navacentello).
-Extracción de agua para riegos, lo cual dificulta la recuperación de las lagunas.
-Extracción incontrolada de turba del fondo de las lagunas o de áridos en sus proximidades.
-Deforestación en sus proximidades.